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军事上，总司令改组军事委员会，自己任军委会主席兼国民革命军总司令，并规定“总司令可以统辖全军，决定所有作战方略。”此举直接从制度上恢复了其军事独裁。

政治上，确立继续北伐，统一全国为当前的核心国策，以打倒奉系军阀张作林，统一关内为近期北伐军目标。

二届四中全会开了整整七天，其中形成了谭主政，蒋主军的临时分工。

时间推进至2月22日，新的军委会正式在南京成立，总司令就任军委会主席，国民革命军总司令，原则上，军委会可以统一接管全国国民革命军的编制、调遣、后勤、军械。

军委会成立当日下午，总司令便下达命令，废除北伐前期的方面军编制，确立四大集团军整编方案。

方案中划定好各集团军辖区军费来源，兵源补充范围，要求各派系军队限期上报兵力名册，着手裁减空额、统一番号。

四大集团军分别为总司令的第一集团军，共计30万人，下辖18个军。

以冯预降西北军组成的第二集团军，合计兵力约31万人，下辖25个军。

以闫西山晋绥军为主的第三集团军，合计兵力约12万人，下辖11个军。

以李宗人桂军为主的第四集团军，合计兵力约10万人，下辖八个军。

合计83万人，对外号称百万雄师。

由于部队空额较多，耗费军饷严重，军委会继续发布政令，让各集团军裁撤本部兵力，冯闫李三人虽然接受总司令任命，但都不愿大规模裁撤兵力，暗中都保留些许建制。

2月23日，总司令再度与江南财阀会晤，江浙财团同意继续发行国库券筹措北伐军费，但是他们的条件是维持东南工商秩序，严禁工农运动。

总司令欣然应允，于是，南京国民政府开始在苏浙皖征收战时附加税，用于采购军械和粮草等。

2月25日，总司令把第一集团军司令部设在了徐州，命令各部队开始在苏北，鲁南边境集结。

同一时间，总司令向第二集团军，第三集团军，第四集团军发布命令，让他们派出代表前往徐州北伐前线总指挥部进行开会，敲定北伐总攻时间，协同方案，通讯联络办法等。

在各集团军代表前往徐州前线总指挥部的这段时间内，总司令连发多封命令，命令两湖地区桂系第四集团军清缴湘南工农武装，同时肃清唐升智旧部残余，巩固长江中游后方消除北伐的后顾之忧。

命令广东李继深部留守广东，稳定华南地区，负责为前线提供粮食物资补给。

命令西南各省军阀，限期归附南京国民政府，不然将派大军进行清剿。

时间至3月下旬，总司令亲自抵达徐州，召集四大集团军代表开会，会议最终确立：

第一集团军中央军，任务是沿津浦铁路北上，主攻山东，击溃张东昌直路联军。

第二集团军西北军，沿京汉铁路北上，进攻直隶南部，对抗奉军主力。

第三集团军晋绥军，兵出娘子关，进攻直隶西部，伺机与第二集团军会师于京津地区。

第四集团军桂军，作为战略总预备队，一旦京汉线战事吃紧，即刻北上支援第二集团军，同时负责维持长江中游的治安，提防唐升智残部再起。

会议最终决定，津浦，京汉，正太三线大军同步发起进攻，时间另行通知。