春深时节，南京城外的格物院新址已初具规模。与旧日偏居一隅的院落不同，这片由皇帝特批、占地广阔的园区，俨然一座新兴的“学问之城”。高耸的观测塔楼、冒着淡淡蒸汽的实验工坊、排列整齐的藏书阁与计算房，以及往来其间身着统一棉布袍服的研究人员，无不彰显着一种与旧式书院迥然不同的气象。

在王贞仪的主持下，格物院的组织结构已日趋完善，不再仅是零散的“奇技巧器”研究，而是系统性地划分为“天文算学”、“物理机械”、“化学格致”、“生物农医”及“地质矿冶”五大部。每部下又设若干专科，由该领域颇有建树的“首席格物士”带领团队进行专项攻坚。研究的课题，也从早期相对简单的器械改良，转向更为基础与宏大的领域：如提高蒸汽机效率的理论研究、植物杂交育种的系统性实验、基于三角函数的大地测量、乃至利用电解法尝试制备未知金属……

然而，随着研究日益深入，两个尖锐的问题摆在了林川与王贞仪面前。

其一，是研究经费的巨量消耗与成果转化的不确定性。一台大型蒸汽动力压力机的建造、一次远赴云贵的地质勘探、一间配备玻璃器皿和精密天平的化学实验室，其花费动辄数以万两白银计。尽管沈万三力排众议，从海关收入及新兴工商业税收中划拨专款设立“格物发展基金”，但朝野间质疑之声从未停歇。

“陛下！格物院年耗银巨万，所为何物？那蒸汽机轰鸣数年，未见其利，先见其耗！所谓电解、杂交，更是闻所未闻，与国计民生何益？此等投入，无异于泥牛入海！”朝堂上，总有官员以此攻讦。

其二，则是研究成果如何能快速、有效地惠及国计民生，而非仅仅停留在论文与模型阶段。一台效率提升三成的织机图纸，若无人投资制造、无人推广使用，便只是一纸空文；一种抗病力更强的稻种，若无法送到千万农户手中，便毫无价值。

为解决第一个问题，林川与王贞仪商议后，在议会提出了《格物院成果评议与预算审核条例》。规定格物院各研究部，每年需向由议会、户部及各界代表组成的“格物咨议局”提交年度研究计划与预算申请，详细阐述其研究目的、预期成果及潜在价值，接受质询与审核。同时，建立“阶段性成果评估”机制，对长期项目进行中期考核，确保经费有效使用。此举虽增添了文书工作，却在制度上为格物院的持续发展提供了保障，也部分平息了朝堂的非议。

针对第二个问题，则更为复杂。沈万三提出借鉴“大明银行”模式，设立“格物兴业社”，这是一个半官方的机构，旨在充当格物院与民间工商业之间的桥梁。“兴业社”负责评估格物院那些具有市场前景的成果，通过授权专利、技术入股、甚至直接贷款投资等方式，吸引和协助商人、工坊主将新技术转化为商品。同时，“兴业社”也负责收集民间遇到的技术难题，反馈至格物院，引导研究方向更贴近实际需求。

然而，这一机制的推行，却遭遇了意料之外的阻力。